Visi MAN 3 Maluku Tengah adalah “Mewujudkan Peserta Didik Berkarakter Islami, Berwawasan Kebangsaan, Berkemajuan dan Berprestasi”
2. MISI
Mengembangkan Karakter Warga Madrasah Yang Religius, Cinta Tanah Air dan Berdaya Saing.
Mengembangkan Pola Pembelajaran Integratif Sains, Agama Dan Wawasan Kebangsaan Secara Simultan Yang Berorientasi Pada Prestasi Akademik Dan Non Akademik.
Membina Kemandirian Peserta Didik Dengan Kegiatan Pembiasaan Dan Pengembangan Diri Secara Berkelanjutan.
Mengembangkan Model Learning Organization Disemua Lingkungan Pendidikan
